《小小飞虎队》讲述了抗日战争时期的山东枣庄，三个小孩子大壮、虎子、小银，因为崇拜飞虎队（铁道游击队），而成立小飞虎队。可他们毕竟都是十几岁的孩子，想法很好，实现不了打鬼子的愿望，只能捉弄当地日本战站长儿子喜郎和二鬼子孙二狗。从而发生了以串串具有喜感有惊心动魄的故事。

1945年，盘桓与古老中国大地上空长达8年的阴霾终于散去，日本帝国主义的野心在中华儿女毫不动摇的钢铁意志面前遭受惨烈的挫败。然而，在山东枣庄附近，仍有抱着大东亚共荣圈梦想的顽固之徒做着最后的抵抗。这便是盘踞枣庄的宪兵司令松尾。为了拔除这枚顽固的钉子，刘洪所率领的铁道游击队派遣长枪队长孙玉田潜入伪军探听消息，谁知孙却叛变革命，成为威胁游击队的一枚定时炸弹。另一方面，躲过游击队围剿的松尾则改名易姓，混入黑帮与游击队继续进行抗争。　　时隔不久，国共内战爆发，各方势力云集碰撞，铁道游击队迎来了新一轮艰苦卓绝的挑战……