丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。其实这片遗迹是妖精族留下来的，在此地还 封印了一个叫做帝斯基多拉的宇宙怪兽。6500万年前从外星而来的它毁灭了一切植物，导致了恐龙灭绝，而那枚盾牌正是用来封印怪兽帝斯基多拉的。

为了拯救世界，莫斯拉回到过去，试图击败年轻的吉多拉国王。